Nakon što su prošle dve godine otkad ga je ugrizao radioaktivni pauk Peter Parker/Spajdermen (Tobey Maguire) nalazi se pred novim izazovima mireći u sebi svoj "dar i prokletstvo". Kao student na koledžu, mučen svojom tajnom, otkriva da su odnosi sa svima koji su mu dragi u opasnosti ako saznaju njegov tajni identitet. Parkerova žudnja za Mary Jane (Kirsten Dunst) postaje sve jača dok se bori sa željom da joj otkrije svoje drugo lice i izjavi joj ljubav. Prijateljstvo s Harryjem Osbornom (James Franco) nagriženo je Harryjevom željom da osveti oca i uništi Spajdermena. Čak i njegova teta May (Rosemary Harris), shrvana nakon smrti svoga muža, gaji sumnje prema nećaku Peteru. Stvari se još više zakomplikuju kad mu se suprotstavi novi negativac Dr. Otto Octavius - Doc Ock (Alfred Molina), čovek koji pomoću neuro-čipa u glavi može kontrolisati mehaničke hvataljke na leđima...