U novoj su priči Neo i Triniti naizgled živi i zdravi, ali su im umovi zaključani unutar „matrice“, koja je postala opasnija. Oni se ne sećaju svoje prošlosti. No Nea prošlost proganja, jer u snovima vidi bljeskove onoga šta se događalo u prethodnim filmovima, u onome šta misli da je svakodnevnica… Kako bi otkrio šta je zaista stvarno, morat će se još jednom odlučiti za putovanje u „matricu“.